1、大辩论：人类要不要敬畏大自然

2005年1月-3月，多家媒体掀起了一场由院士、学者、环保人士、普通市民等参与的大辩论：人类要不要敬畏大自然。
　　印度洋大海啸之后，2005年1月6日在《南方周末》发表的文章《人类面对自然和自己的态度》称：“灾难警示我们在自然面前应保持必要的谦卑与敬畏，而不是把她作为一个予取予求的对象或者一个可以‘战胜’的对手。”而中科院院士何祚庥《人类无须敬畏大自然》一文在《环球》杂志发表更是点燃了争论的导火索。
　　1月25日中国科学院资深院士、著名理论物理学家何祚庥，27日环保人士廖晓义和汪永晨、清华大学教授赵南元、中学生馨儿作客新浪聊天，就此论题展开激烈辩论。

2、圆明园湖底防渗工程引争议

3月28日，人民日报率先报道了圆明园铺设防渗膜，引起了社会各界的强烈关注。
　　4月1日，圆明园生态与遗址保护研讨会在友谊宾馆举行，研讨会逐渐“演变为声讨会”。4月13日，国家环保总局举行圆明园遗址公园湖底防渗工程听证会，引起了全社会的巨大关注。
　　圆明园防渗事件争论了3个多月，最终由清华大学有关部门提交的《圆明园东部湖底防渗工程环境影响报告书》通过了国家环保总局的技术评估，并于7月5日正式公布。报告得出的结论是“防渗没错，只是应该优先采用更适宜的防渗材料和措施”。
　　8月15日，圆明园福海景区的防渗整改工程正式开工。圆明园将施工现场严严封住，不让游人参观。

3、应不应该叫停奥数班

世界著名华人数学家丘成桐一直批评在我国中小学推行奥林匹克数学竞赛，直言“奥数”培养不出大数学家。
　　很长一段时间以来，只要能在“奥数”全国比赛中取得名次，就可以免试进入北大、清华这样的一流学府深造。中小学“奥数班”过于火热，并且日趋功利化和低龄化，已对全面提升素质教育产生了不利影响。
　　2005年3-4月，北京、广东、河北、浙江、江苏等地纷纷出台有关规定或采取措施，禁止举办收费的“奥数班”和叫停奥赛。这一举措引来社会强大的关注和争议。